创圣纪0011年，地球因11年前的大异变，失去了三分之二的人口。随着南极冰层的融化，早已灭绝的“堕天翅族”苏醒，带领机械生物“神话兽”侵入人类城市，捕捉人类，吸取“Purana”来维持生命。 在这绝望的时刻，人类寻找反击的机会。在海底遗迹中，科学家们发现了三台传说中的战斗机——“Vector Machine”，它们能够合体形成强大的机械天使——Aquarion。这一兵器，曾在1万2千年前帮助人类战胜堕天翅族。 要启动Aquarion，必须拥有能与机体产生共鸣的“Element”——这些少年少女们拥有敏锐的五感和纯净的灵魂，他们将与Aquarion合体，成为拯救世界的最后希望。 在战斗中，Aquarion的合体不仅是物理的机械联动，更是机师们心灵的契约。通过这种共鸣，他们将面临堕天翅族的复仇，拯救人类的命运，也将在这一过程中发现自己的成长与蜕变。