故事发生在公元2030年，世界经历了四次世界大战后，进入了一个充满高度发达科技的新时代。人类的身体与大脑逐渐义体化，许多人选择通过生物机械体获得更强的能力。随着科技进步，犯罪手段变得更加离奇复杂，公安9课应运而生，成为内务省直属的特种部队，专门处理涉及高度科技的犯罪案件。 公安9课的队长草薙素子带领团队，应对包括“笑脸男”等代表的犯罪组织。这些组织的行为隐秘且复杂，常常牵涉到权力斗争、政治阴谋以及复杂的科技犯罪。整个季节围绕着“Stand Alone Complex”案件展开，即那些表面上看似与其他案件毫不相关，实际上背后却有着深刻的社会和科技联系。第一季的剧情不只聚焦于案件的解决，更深入探讨了人工智能、义体化、社会道德等问题。