故事设定在二十一世纪初，全球气候持续变暖，冰川融化导致大部分陆地被海水淹没。与此同时，名为“雾之舰队”的敌对战舰群从天而降，占领了全球的海域，人类的生存空间被逐步侵蚀。 千早群像（兴津和幸 配音）是一名士官候补生，某天，她与一艘名为“伊401”的潜水艇相遇，从此开始了与这艘潜艇的命运交织。群像被赋予了驾驶这艘潜水艇的重任，带领着一支志同道合的战队展开反抗。 潜艇内聚集了各具特色的战友：皮肤黝黑、直爽大大咧咧的橿原杏平（宫下荣治 配音），温文尔雅、足智多谋的八月一日静香（东山奈央 配音），神秘面具遮面的织部僧（松本忍 配音），以及活泼机敏的四月一日伊织（津田美波 配音）。他们怀揣着拯救人类的宏大理想，奋勇抗敌，誓要夺回被“雾之舰队”侵占的海域，为人类重新赢得生存空间。