故事发生在五十年后的未来，世界被“神”吞噬，陷入荒芜的局面。突如其来的怪物“荒神”摧毁了人类文明，造成了世界的失衡。由于荒神具备吞噬一切的本能，现有的军事武器对其毫无效用。然而，在绝境中，生化科技公司“芬里尔”成功提取荒神细胞，研发出名为“神机”的生物兵器，并组织了特种部队“GOD EATER”，赋予人类与荒神对抗的力量。 随着战争的爆发，荒神的智慧不断进化，而人类则为了物种的延续展开了反击。荒神与人类之间的对决逐渐演变成一场关于“神与人”的较量：究竟是荒神会最终变成人类，还是人类将进化成“神”？这场竞争由此拉开帷幕。 玩家将扮演一名“神机使”，负责与荒神激烈对抗，并带回荒神核心与素材，在这片末日废土中，与死亡擦肩而过，展开生死搏斗。