全人类在一瞬间被神秘的现象石化，几千年后，天才少年千空从石化状态中醒来。在这个文明被摧毁的石头世界里，千空凭借自己超凡的智慧，开始集合新的伙伴，建立起了“科学王国”。他的终极目标是利用科学的力量恢复已被毁灭的世界。然而，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”逐步展开攻势，司力图通过武力压制科学的发展，主张通过“净化”人类来实现自己的理想。 科学与武力的对决在激烈的战斗中展开，最终科学王国逐渐占据了上风，双方也因此达成和解。但由于司遭遇了来自同伴的背叛，陷入了冷休眠状态。在千空等人的努力下，他们决定前往石化现象的源头——地球的背面——新世界，解开石化的真相，迎接新的冒险。石头世界的大航海时代，正式开启！