在过去的大战时期，日本帝国陆军为将咒术应用于军事，建立了阴阳寮，并派遣传说中的阴阳师安倍晴明的后裔、土御门家当家的天才阴阳师——土御门夜光，担任统领。夜光成功改革了日本的咒术界，成为现代咒术的奠基人。 然而，在大战末期，帝国陆军陷入败势，要求夜光执行大规模的咒术仪式以扭转局势。可惜，仪式失败，夜光身亡，并且强烈扰乱了东京的灵气，导致东京出现百鬼夜行、妖魅肆虐的混乱局面。战争结束后，阴阳寮更名为阴阳厅，负责处理日本各地——尤其是东京——的灵力灾害，阴阳师们因此成为现代社会中的重要人物。 土御门春虎，作为土御门家的一员，虽然是阴阳师名门的后代，却毫无阴阳师的才能，过着普通人的生活。某年夏天，他与童年时的朋友、土御门家下一任当家少女夏目重逢。曾经的承诺如今已经各自分道扬镳，然而这次相见，却开始改变土御门家族的历史。