高町奈叶（田村由香里 配音）是一个普通的高中三年级学生，某天在上学的路上，她与来自异世界米德其路达的尤诺（水桥香织 配音）相遇。尤诺告诉奈叶，她正在寻找遗落在人间的太古遗产“圣石之种”，这颗珍贵的宝物蕴含着巨大的能量，如果被忽视，可能会引发无法估量的灾难。在一连串的波折之后，奈叶决定帮助尤诺回收这些种子，成为了魔法少女，展开了一段充满危险与挑战的奇幻冒险。 某天，一位名叫菲特（水树奈奈 配音）的金发少女出现在奈叶面前，她与奈叶一样，都是回收圣石之种的魔法少女，也意味着她们是直接的竞争者。奈叶能否战胜这个强大的对手？而对于菲特来说，温柔且努力的奈叶又意味着什么呢？