奈叶（田村由香里 配音）原本是一个普通的小学三年级女孩，却因一次意外遇见了来自异世界的尤诺，成为了魔法少女，并被卷入了争夺遗产的战斗中。经历了上一次事件后，奈叶与菲特（水树奈奈 配音）建立了深厚的友谊，但她最终选择告别菲特，回到了平凡的生活，继续接受魔力训练，为了准备应对可能的敌人袭击。 然而，某日，海鸣市上空突然出现了一个神秘的魔法结界，这一不寻常的现象引起了奈叶的警觉。果然，奈叶不久后遭遇了红发魔法少女维塔（真田麻美 配音）的攻击，令她意外的是，维塔轻易地破坏了她的坚固防御。所幸，菲特及时赶到，救了奈叶一命。但维塔的出现，也意味着一场深藏的阴谋正在悄然展开。