炼金术，一种建立在等价交换原则基础上的科学，能够将物质分解、重组，将一种物品转化为另一种。尽管如此，人体炼成却是炼金术的绝对禁忌，任何人都不能违背这一原则。然而，拥有非凡炼金术天赋的爱德华（朴璐美 配音）和阿尔冯斯（钉宫理恵 配音）兄弟，为了复生已故的母亲，依然不顾禁忌进行人体炼成。结果，他们付出了惨重的代价：爱德华失去了自己的右臂和左腿，而弟弟阿尔冯斯则将自己的灵魂困在了一副巨大的装甲中。 深感悔意的兄弟俩，在决定恢复原状后，开始寻求更多的炼金术知识，成为了国家的炼金术师，踏上了寻找传说中终极炼金物品——贤者之石的旅程。在探索的过程中，他们不仅揭开了贤者之石的真相，还逐渐深入了解了他们所身处的军事化国家。面对国家、民族、家庭的纷繁复杂，炼金术的未来究竟走向何方，兄弟俩面临着越来越多的抉择。