年幼的爱力克兄弟深深思念已经去世的母亲，为了复活母亲，他们不顾一切地触犯了炼金术中最大的禁忌——人体炼成。然而，炼成失败带来了惨重的代价。哥哥爱德华失去了左腿与右臂，而弟弟阿尔冯斯则失去了整个肉体，只能将自己的灵魂附着在一副铠甲中。为了弥补他们所犯下的罪行，找回失去的身体和母亲，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。 多年后，一位失去了左腿与右臂的国家炼金术士出现在人们面前，他的身体由“机械铠甲”替代。这个被称为“钢之炼金术师”的人，背负着兄弟二人所遭遇的痛苦与使命，继续在炼金术的世界中展开他的冒险与探索。