故事发生在一个身怀魔力的人类即将灭绝的世界。随着武力的不断演变，战斗的最高境界从剑术逐渐转向魔法，最终演化为枪械的使用。在这个世界里，男主角草薙哮就读于专门培养用以消除残存魔力威胁的“异端审问官”的培训机构——“对魔导学园”。草薙哮不同于其他学员，他完全不会使用枪械，只靠一柄刀与敌人交战，成为一名另类的学员。而他所带领的第35试验小队，也被戏称为“杂鱼小队”，因为它由一群成绩不佳的学员组成。 然而，某一天，拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花意外加入了这个“杂鱼小队”。在凤樱花的带领下，队员们开始执行回收魔导遗产的任务，展开了一场充满动作与奇幻元素的学园冒险。