1998年7月的一个下雨之夜，黑桐干也在一次饮酒会归来后，收留了一位无家可归的少女。然而，这位少女在不久后神秘失踪，去向不明。 与此同时，一连串的杀人事件接连发生。每一个死者的尸体都呈现出被强大力量过度扭曲的惨状，且死因异常。伽蓝堂开始介入调查，试图揭开背后的真相。 随着调查的深入，令人震惊的真相浮出水面——犯罪者竟然是那位曾短暂住在黑桐家中的少女浅上藤乃。更令人惊讶的是，她拥有强大到令人难以想象的能力。此时，身为“直死之眼”持有者的两仪式再次出场，手握匕首准备迎战这个强大的敌人。 《空之境界》系列的第三章动画改编自奈须蘑菇的同名小说，继续揭示命运与罪恶之间的复杂交织。