在大灾难“第二次冲击”席卷全球后，世界在废墟上艰难重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡召唤到第3新东京市，本以为能和父亲团聚，然而迎接他的却是灾难的真相——被称为“使徒”的巨大生物正在与人类军队激烈交火。 在危急时刻，特务机关NERV的葛成美里救下了真嗣，并带领他前往由碇元渡指挥的NERV总部。然而，等待真嗣的不是父亲温暖的拥抱，而是冷酷的命令——让他驾驶巨大的人型机甲“EVA”与使徒作战。真嗣最初拒绝，但当他看到替补驾驶员绫波丽因重伤无法再战时，决定听从父亲的命令，开始驾驶EVA初号机迎战来袭的使徒。 随着使徒不断袭来，真嗣不仅要与这些未知的敌人作战，还要面对身份神秘的绫波丽以及来自德国的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾。身为14岁的少年，真嗣将如何应对超越自己能力的巨大挑战？与此同时，碇元渡始终保持冷静，暗中观察这一切，一项名为“人类补完计划”的神秘计划正在悄然推进。